周伯通很困惑，他不过就是和黄药师玩弹珠珠的游戏，然后自己输了，就把九阴真经下部借给黄夫人冯蘅看了两遍吗，黄夫人说，这九阴真经是假的，被欧阳锋掉包了，周伯通就信了，一怒之下就把这下部经文给烧了，然后就跑回去闭关修炼武功，想要日后找欧阳锋索书。
可是，没过多久，周伯通就听到消息，说黄药师的徒弟黑风双煞从桃花岛偷走了九阴真经下部，还练成经书中所载的精妙武功，到处为非作歹，而这经书并不是黄药师从欧阳锋那里夺来的，而是从周伯通手里偷的。
周伯通无比震惊，来到桃花岛找黄药师理论，才知道，那日黄药师的夫人冯蘅借阅了周伯通的经书，虽然只看了两遍，却一字不漏地记住了，回头就默写出来给黄药师了。
可黄药师心思缜密，却百密一疏，没藏好经书，让徒弟陈玄风和梅超风给盗走了，黄夫人为了安抚黄药师，想再默写一遍，奈何时隔数年，她再难完整回忆起经书内容，又身怀六甲，苦思几日几夜，不仅未能默写完经文，还因为心智耗竭，导致早产，生下一个女婴就撒手人寰了。
黄药师本就爱迁怒于人，又遇徒弟盗书，爱妻逝世，早已心智失常，与周伯通一言不合就大打出手。
【1】重伤呕血
这是周伯通和黄药师第一次交手，周伯通的武功远远不及五绝，他被黄药师打得重伤呕血，打断了两条腿，还被困在桃花岛的山洞中长达15年之久。
在桃花岛山洞里的15年，周伯通也没闲着，凭借对武学的一腔热爱，竟然领悟出了左右互搏术这种变态武功，直接将他的战力提升了一倍，此外，他又领悟出了天下至阴至柔的拳术空明拳，连金轮法王的千斤重拳对上他的空明拳，都如同打在了棉花上，无处着力。
之后，周伯通又通过教授郭靖九阴真经，不知不觉自己也修炼了经文。
【2】实力逆转
当周伯通走出桃花岛山洞之时，他再也不是那个与五绝相差甚远的周伯通了，他与黄药师进行了第二次对决，这一战，可以说相当精彩。
黄药师用上自己最得意的武功落英神剑掌，谁承想20多招打出去，竟然碰都没碰到周伯通，因为周伯通用的闪躲身法，正是九阴真经中的“蛇行狸翻”之术。
后来黄药师怒了，全力以赴，“拳锋到处，犹如斧劈刀削一般，周伯通的衣袖袍角一块块地裂下，再斗片刻，他长须长发也一丛丛的为黄药师掌力震断。”
这个打法，但凡周伯通被黄药师打中一招半式，不死也得重伤。接着黄药师“左掌横扫过来，右掌同时斜劈，每一掌中都暗藏三招后继毒招”，周伯通身法再快，也难躲闪，只得双膀运劲，蓬的一声，绳索崩断……
然后，周伯通为了不违背对师兄的誓言，非要改用单手对战，“他本身武功原不及黄药师精纯，右手上架，被黄药师内劲震开，一个踉跄，向后跌出数步。”
接着，黄药师的双掌与周伯通的单掌一交，劲力送出，腾的一响，周伯通便坐在地上，闭上双目，哇地吐出一口鲜血，脸色登时惨白如纸。
观战的众人都认为，只要周伯通双手齐出，好好与黄药师打，就算胜不了，也不会败落。
可见，在这个时候，周伯通实际上已经不次于黄药师了。周伯通自己也说：“老顽童上了自己的大当，无意之中竟学到了九阴奇功，违背师兄遗训。若是双手齐上，黄老邪，你是打我不过的。”
黄药师没有反驳这话，他认为周伯通所言非虚，选择了默认。
这一战，虽然黄药师赢了，但是，他与周伯通二人的实力，已经出现了逆转。
【3】平手
黄药师和周伯通的第三战，周伯通也没尽全力，这次他没有使用左右互搏术和九阴，仅使用了空明拳，黄药师明显感觉到周伯通“拳法虽极精奇，劲力却已较前减弱”，这一战二人打了个平手……
可见，周伯通单用空明拳，就能打平黄药师，一旦他火力全开，加上左右互搏术和九阴真经，黄药师还有赢的可能吗？
心服口服
其实，对于绝顶高手而言，武功练到一定程度后，想要再进步一点点，已是千难万难，正所谓“百杆尺头难进一厘”，绝顶高手到最后，拼的已经不是功法本身，而是奇遇或机缘。
神雕时期，黄药师的武功就已经基本止步不前了，体力也在逐步下降，内功虽然更加精深，但也难以成为对战同级高手的绝对优势了。
而周伯通在神雕时期，实力还在不断增长，他所修的全真派内功，在他年纪大了之后内力反而增长更快，左右互搏术、空明拳也更加精益求精，虽然他努力忘记九阴真经，但不是相忘就能忘记的，其实，九阴真经早已被他内化，融入他所修的武学当中，此时的周伯通，实力早已超越了老五绝，黄药师早就不是他对手了。
所以，到了第三次论剑，还用打吗？但凡有希望赢，黄药师能不打吗？他心里清楚得很，他再也没办法打赢周伯通了，只能心服口服地承认周伯通是天下第一了。
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