雍正皇帝即位后实行耗羡归公，推出养廉银制度，这是清代历史上一次重要的变革。不过雍正朝实行的养廉银制度，在很多方面还存在不合理之处，各省督抚们意见也不小，认为朝廷的分配方式不公平。
就拿山西、山东二省来说，巡抚的养廉银高达2万两，而直隶总督才1.2万两。很显然，不管是品级还是政治地位，直隶总督都不应该低于该二省巡抚。
雍正晚年曾对存在的一些问题进行了调整，但没有从根本解决这一问题。乾隆即位后，在京部院大臣和各省督抚再次就养廉银问题建议朝廷重新制定新的标准。
所以乾隆十二年，上谕军机大臣说：“各省督抚养廉有二三万者，有仅止数千两者，养廉多寡悬殊，似属未均。着军机大臣等，酌量地方远近、事务繁简、用度多寡，量为衰益，定议具奏。”
上谕中有几个关键词十分重要，即“地方远近”、“事务繁简”、“用度多寡”。军机大臣也是照着这三个原则，开始重新拟定督抚的养廉银新标准，具体方案如下：
其一、三督五抚之养廉银不变
雍正朝规定，湖广总督、两广总督的养廉银数额为1.5万两，江苏巡抚1.2万两，江西、浙江、湖南、湖北四省巡抚各1万两。
湖广、两广总督属于第二梯队，事务相对较简，用度也不算多，只占了距离京师较远这一条，所以其养廉银保持不变。
江苏是全国经济、文化大省，巡抚拿1.2万两也合情合理，且与江西、浙江、湖南、湖北四省巡抚只差2000两，这点差距不算大，大家都可以接受。所以军机大臣议定维持现状。
其二、一督三抚变化最大
直隶乃畿辅重地，事务繁多，直隶总督又是疆臣之首，每年拿1.2万两养廉银显然太少；山东、山西二省属于“近地”，事务和用度也到相差不大，原先制定的各2万两偏高，需要重新调整；河南与山西、山东地位同等，巡抚拿1.2万两似乎有点过低。
经过商议，直隶总督的养廉银增至1.5万两，山东、山西二省各减5千两，实拿1.5万两，河南增至1.5两，如此直隶、山东、山西、河南督抚的养廉银俱定为1.5万两。
其三、两广巡抚相差悬殊
原定广东巡抚为1.5万两，广西巡抚只有8400两，虽然说广东用度稍多，事务也较繁，但两者的差距过于悬殊，且作为一省巡抚养廉之数不足万，面子上似乎也说不过去。
军机大臣请奏，将广东巡抚减2千两，广西巡抚增1600两凑足1万两之数。如此两广巡抚的养廉银也就比较公平了，大家也都没话说。
其四、陕甘地区调整较大
乾隆以前，因西北战事频发，陕甘地区的督抚头衔不是很固定，乾隆十二年时仍称川陕总督。因川陕总督有节制边方、犒赏兵丁之费，故而养廉银高举全国督抚之首，数字为3万两。
陕西、甘肃一个在腹地一个在边地，但是陕西巡抚有2万两，甘肃巡抚只有1.19万两，两者差距较大，也不符合地方远近的这一原则。
经过商议，定川陕总督为2.5万两，陕西巡抚为1.2万两，甘肃巡抚增1百两凑足1.2万两之数。
其五，其他各省督抚的新标准
闽浙总督因处于远地、事务繁简与两广相仿，而养廉银高达2.1万两；福建巡抚1.2万两与总督比起来相差较大；江苏巡抚养廉银为1.2万两，而安徽巡抚只有8千两；云南巡抚1.055万两，贵州巡抚只有8500两，也算是不太平均。
新的标准出台后，闽浙总督改为1.8万两，福建巡抚为1.3万两，安徽、贵州巡抚各1万两。此外，两江总督养廉银也由原先的1.82万两改为1.8万两，云贵总督和云南巡抚各去零头，分别为2万两、1万两。
乾隆十二年的这次重要调整，基本上规范了督抚的养廉银标准。在此基础上，乾隆二十五年，又对各省布政使、按察使的养廉银进行规范化的调整。
乾隆二十五年以后，各省督抚藩臬道府州县的养廉银已经基本划一。尽管后面的皇帝也对养廉银进行了一些改动，但变化已经不大了。
总体上来说，乾隆时期对养廉银的调整有两个突出的特点：
一是在“地方远近、事务繁简、用度多寡”的原则下，尽量做到整齐划一；二是佐杂官员的养廉银也基本普及，从而使得养廉银制度走向制度化、规范化，养廉银也成为各级官员最主要的经济来源。
据不完全统计，总督的养廉银高出正俸83至129倍；巡抚高出64至96倍；布政使高出32至58倍；按察使高出23至38倍，道员高出14至67倍；知府高出9至38倍；知州高出6至25倍；知县高出8至50倍。
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