也先死后，蒙古部落再次陷入分崩离析的局面，瓦剌部与东蒙古战端再启。在马儿苦儿吉思汗击败瓦剌后，
瓦剌并未被完全消灭，其部仍保持着不小的势力。
《皇明北虏考》中说：“成化间，大抵瓦剌为强，小王子次之，二种反复相残。”天顺八年（1464年）东蒙古的太师孛来兴兵六万西征瓦剌，瓦剌也毫不示弱，“拥众七万欲与孛来仇杀”。
此后，阿失帖木儿成为瓦剌部的首领，
率领瓦剌继续与东蒙古争战，并对其造成了不小的打击。
成化二年（1466年）东蒙古的毛里孩汗“久居河套，惧瓦剌阿失帖木儿与之仇杀，不敢渡河而北”。
至成化六年（1470年），阿失帖木儿又击败了东蒙古的孛罗乃王，“率众四万驻牧西北，其势亦盛”。
同年，东蒙古的答言汗即位，在答言汗的妻子满都海的主持下，东蒙古在帖思·孛儿图地方向瓦剌发起进攻，“缴获了大量的战利品”，瓦剌随即又发起了反攻。
弘治六年（1493年），明朝得到消息，“北虏部落被瓦剌杀散，住牧宁夏贺兰山后”。
在也先死后，瓦剌与东蒙古又开始了新一轮的战争。此时的瓦剌虽然不复脱欢父子时的强盛，但仍保有相当强的实力，在与东蒙古的战争中互有胜负。
在此过程中，瓦剌的势力也开始逐步西迁。
据《蒙古源流》记载，马儿苦儿吉思汗是在“空归”、“札卜汗”地方击败了瓦剌部落。“空归”、“札卜汗”即指今蒙古国西部的札布汗河流域，该河位于杭爱山以西，是现今蒙古国札布汗省与戈壁—阿勒泰省的分界线。
答言汗是在“帖思·孛儿图”地方击败瓦剌，
该地位于今蒙古国乌布苏湖附近，比札布汗河更加靠西一点。
从上述梳理中我们能看出，也先死后，瓦剌即被东蒙古逐至杭爱山以西地区。在此后的战争中，瓦剌虽然不落下风，但依然无法夺回杭爱山以东地区的控制权，其势力范围反而在逐步向西移动。
在受到东蒙古的压迫逐渐西迁的同时，瓦剌也在主动扩展其西部与南部边界。在西部，成化五年（1469年）也先的次子阿马桑赤率军击败察合台汗国的羽奴思汗，
占领了中亚巴尔喀什湖附近的七河地区。
直至成化八年（1472年）左右，瓦剌人才主动撤出，羽奴思汗重新占领此地。而在南部，成化五年（1469年），瓦剌平章拜亦撒哈脱离瓦剌部，
前往哈密驻牧，并依附于乜克力部落首领癿加思兰。
有人认为，这部分瓦剌人后来与其他部族的人逐渐融合，最后变成了哈剌灰人。瓦剌部的大举南下，则在成化二十二年（1486年）以后。成化二十二年（1486年）瓦剌南下，欲与当时的哈密都督罕慎联姻。
次年（1487年），瓦剌养罕王进攻哈密失利，“掠其剌木城”而去。除了哈密，瓦剌还“屡至赤斤、罕东窃掠”，骚扰甘肃西部地区。
随着瓦剌势力的南下，瓦剌与察合台汗国的冲突也日益加剧。
成化二十三年（1487年）察合台汗国的速檀·阿黑麻汗即位，速檀·阿黑麻汗能征善战，在他在位期间，东察合台汗国的势力不断北扩，与南下的瓦剌产生了激烈的冲突。
速檀·阿黑麻汗“几度用兵喀耳木，连战皆捷，斩获颇众”，“喀耳木人非常畏惧他”。速檀·阿黑麻汗还在“在蒙兀儿斯坦防范极严，七八个月来喀耳木人和月即别人都无法窥伺这个国家”。
东察合台汗国与瓦剌的冲突在明朝史料中也有所体现。弘治六年（1493年），速檀·阿黑麻汗率兵围攻哈密，哈密都督“阿木郎遣调乜克力、瓦剌二部兵为援皆败”，
哈密最终被速檀·阿黑麻汗攻克。
速檀·阿黑麻汗死后，其子满速儿汗继位，继续着与瓦剌之间的战争。在与满速儿汗的战争中，瓦剌似乎经常处于下风。正德九年（1514年），
瓦剌南侵哈密，“土鲁番速坛满速儿王等败之”。
据《拉失德史》记载，满速儿汗“进攻喀耳木人，屡战皆捷”。当时明朝的兵部也说：“瓦剌屡为土鲁番所侵，力未能制之。”
瓦剌与东察合台汗国之间并非总是对抗关系，在满速儿汗执政后期，东察合台汗国与瓦剌的关系由对抗转向联合，开始共同侵掠甘肃西部地区。
嘉靖七年（1528年），满速儿汗“使其部下虎力纳咱儿引瓦剌寇肃州”。
当时的明朝边臣总结说，“土鲁番屡年犯边，盖恃瓦剌为外援”，“土鲁番入寇必藉其力，是又能为我边轻重也”。
到了16世纪后期，由于当时瓦剌频频与东蒙古及喀尔喀作战，瓦剌更加无暇南扩，其南部边界基本维持在吐鲁番、哈密以北一带。嘉靖朝的大臣桂萼在奏疏中称，吐鲁番“北山后为瓦剌达子”。
瓦剌的边界在蒙古史书中也有反映。据《阿勒坦汗传》记载，
嘉靖三十八年（1559年）东蒙古的俺答汗“出征卫喇特国进军扎拉满罕山”。
扎拉满罕，又作雅尔玛罕山，在新疆哈密东三百余里处。以此可见，瓦剌的南部边界已经延伸到了哈密及吐鲁番一线。
瓦剌到达哈密、吐鲁番一线后，偶尔会与东察合台汗国产生冲突。
隆庆四年（1570年），满速儿汗的儿子沙汗“决定对卡尔梅克进行圣战”，但最终却被瓦剌人杀死。除了少数冲突外，瓦剌也会偶尔南下，作为外援力量，参与到东察合台汗国的内乱当中。
万历二十三年（1595年）前后，吐鲁番的贵族胡达班德苏丹起兵反抗阿布都·拉希木汗。胡达班德苏丹“寻求卡尔梅克人的帮助。
卡尔梅克人出面帮助，他们把胡达班德苏丹交给阿布都·拉希木汗”。
数年后，库车的穆罕默德—哈斯木苏丹又起兵反对阿布都·拉希木汗，穆罕默德—哈斯木苏丹“向卡尔梅克求援”，但瓦剌人到了之后却在一旁观战，在穆罕默德—哈斯木苏丹即将被打败时，“卡尔梅克人立即向他发起进攻，
并加入阿布都·拉希木汗这边”，最终“卡尔梅克掳掠战利品后离去”。
在16世纪后半期，瓦剌偶尔会参与到东察合台汗国的国内政治纷争当中，东察合台汗国政治势力会寻求蒙古人作为军事外援，借此打击政敌。
但此时瓦剌对东察合台汗国尚未抱有任何政治上的诉求，
并不打算将其势力范围向南扩张，更多的是趁火打劫。
在参与东察合台汗国内斗时，瓦剌援助强者一方打击弱者，借此机会大肆掠夺。从以上的梳理中，我们能够看出，
从15世纪后半期至16世纪，瓦剌的活动范围呈现出西迁与南扩两种趋势。
马儿苦儿吉思汗之后，东蒙古重新崛起，与瓦剌频繁作战。瓦剌虽然遭受重创，但仍然保留了相当强的实力，在与东蒙古作战时双方互有胜负，谁也无法征服谁。在
东蒙古的压迫下，瓦剌的活动范围退至杭爱山以西地区
，主要活动于札布汗与乌布苏湖附近。
西迁之后，瓦剌转而南下，侵掠哈密、肃州等地，并与南部的东察合台汗国产生了激烈的冲突。东察合台汗国在速檀·阿黑麻汗与满速儿汗的率领下，多次击败瓦剌。
至16世纪前期，
瓦剌与东察合台汗国从对抗走向合作，双方联手共同对付哈密与明朝。
瓦剌的势力范围，也扩张到了吐鲁番以北地区。此后，瓦剌暂时停止了向南扩张的脚步，虽然偶尔南下参与到察合台汗国的内乱当中，但基本都是掳掠性质的作战，
此后很长一段时间内，瓦剌的南部势力边界一直维持在哈密、吐鲁番以北一带。
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